Juntament amb Ramon Llull i Arnau de Vilanova, és considerat un dels grans mestres de l’alquímia medieval, avui considerada una pseudociència però que va ser la precursora de la química moderna abans de l’establiment del mètode científic. La compilació més famosa de textos alquímics, el Theatrum Chemicum (Estrasburg, 1659), reuneix, d’una banda, versions llatines dels textos atribuïts a Hermes Trimegist, divinitat grecoegípcia fundadora mítica de la ciència i de la tècnica, d’Avicena i altres autors àrabs i, de l’altra, tractats atribuïts falsament a Albert Magne, Llull i Vilanova i diverses obres de Joan de Peratallada, considerat màxima figura de la alquímia de la baixa edat mitjana.

Quant a Joan de Peratallada, va escriure un tractat molt influent titulat De consideratione quintae essentiae en què designava l’alcohol amb el termes aqua vitae o quinta essentia, que considerava la panacea contra tota malaltia.

Amb Llull i Vilanova, Peratallada és el tercer gran representant de la ciència catalana i, com ells, un dels grans innovadors de la ciència europea del segle XIV.

La seva defensa de la quinta essentia va ser molt important ja que va animar els farmaceutics a buscar i extreure altres quintes essències de minerals i plantes fet que va posar les bases de la iatroquímica que es va desenvolupar el segle XVI, fundada per Paracels.

Ramon Llull és el primer autor europeu que descriu el procés de destil·lació de l’alcohol. Arnau de Vilanova és el primer que descriu aquest procés no com a una mera teoria, sinó amb els detalls tècnics que permetien dur-la a la pràctica i és el primer que, a Europa, aprofita la descoberta per a usos terapèutics. Una altra de les descobertes de Vilanova va ser que els esperits d’alcohol barrejats amb plantes aromàtiques potencien la seva acció.